Le Tribunal pénal fédéral a été informé le 24 juin 2009, à court terme et par le biais d’un communiqué de presse, de la décision du Conseil fédéral portant sur l’utilisation des copies des documents retrouvés récemment. Dans un écrit adressé à la Chef du Département fédéral de justice et police (DFJP), la Ire Cour des plaintes, en sa qualité d’autorité de surveillance matérielle, exprime son désaccord quant au fait qu’une partie des documents sera remplacée par une feuille intercalaire et que ces derniers devront ensuite être détruits. Elle exige expressément que ces pièces aussi soient conservées jusqu’à la fin de la procédure pénale afin de pouvoir garantir, au besoin avec les cautèles qui s’imposent, l’accès à l’intégralité des documents. Elle remarque que les feuilles intercalaires prévues pourraient ne pas suffire à assurer le déroulement d’une procédure correcte. La Ire Cour des plaintes s’attend donc à ce que les différents modes de procéder possibles soient définis avec le Juge d’instruction compétent et, en cas de besoin, avec elle et à ce que toute destruction de document soit provisoirement exclue.