Nella seduta della Corte plenaria del 5 luglio 2011 i giudici hanno deciso la nuova struttura del Tribunale penale federale. Esso sarà composto da due Corti: la Corte dei reclami penali, che statuirà sia sui reclami in materia penale sia in ambito di assistenza giudiziaria internazionale in materia penale, e la Corte penale. Nelle sedute plenarie del 23 risp. 30 agosto 2011, i membri hanno inoltre stabilito la composizione delle Corti dal 1° gennaio 2012. Le Corti saranno così composte:

Corte dei reclami penali
Stephan Blättler (Presidente)
Andreas J. Keller
Emanuel Hochstrasser (doppia assegnazione)
Tito Ponti
Giorgio Bomio Giovanascini
Roy Garré
Cornelia Cova
Patrick Robert-Nicoud
Nathalie Zufferey Franciolli

Corte penale
Giuseppe Muschietti (Presidente)
Peter Popp
Walter Wüthrich
Emanuel Hochstrasser (doppia assegnazione)
Sylvia Frei-Hasler
Daniel Kipfer Fasciati
Miriam Forni
Jean-Luc Bacher
Joséphine Contu
David Glassey

L’Assemblea federale ha nuovamente eletto il 28 settembre 2011 Andreas J. Keller quale Presidente del Tribunale e Daniel Kipfer Fasciati quale vicepresidente. Roy Garré è stato confermato dalla Corte plenaria in data 30 agosto 2011 quale terzo membro della Commissione amministrativa.